De Commissie Bestuursstructuur had de opdracht om de nieuwe bestuursstructuur voor PROTEST in te richten.. De commissie heeft hiervoor uitgebreid gekeken naar de huidige bestuurstructuren van DWARS en de Jonge Socialisten en schreef  een helder voorstel komen voor de bestuursstructuur van PROTEST. In de opdracht stond omschreven hoe de vorm van, en het proces richting, dit voorstel eruit ging zien. De Commissie Bestuursstructuur werd aangesteld vanaf de congressen in de zomer van 2025 tot de congressen in november 2025.

Op de congressen in november 2025 heeft de commissie het voorstel voorgelegd aan de leden van DWARS en de JS en is deze ruimschoots aangenomen. De aangenomen structuur is ook belangrijk geweest voor andere commissies om te verwerken in de organisatiestructuur van PROTEST, en de reglementen.