De Commissie Organisatiestructuur heeft als opdracht om de organisatiestructuur van PROTEST in te richten. De commissie kijkt uitgebreid naar de verschillende organisatiestructuren van DWARS en de Jonge Socialisten en onderzoekt wat er goed werkt en wat er anders zou moeten. De commissie zal vervolgens met meerdere voorstellen komen voor een organisatiestructuur voor PROTEST.

In de opdracht staat omschreven hoe de vorm van en het proces richting dit voorstel eruitzien. De Commissie Organisatiestructuur is aangesteld vanaf de congressen in de zomer van 2025 tot het oprichtingscongres in 2026.

In aanloop naar het Oprichtingscongres in de zomer van 2026 zal de commissie met hun laatste voorstellen komen, die door de Reglementencommissie zullen worden verwerkt in het Huishoudelijk Reglement.